Le lutheranisme a été introduit à Madagascar par les missionnaires norvégiens et américains vers la seconde moitié du XIXe siècle, plus précisément depuis 1867. Plusieurs sociétés luthériennes travaillaient à Madagascar. Leur fusion en 1950 a conduit à la création de l'Église Luthérienne Malgache, et avec elle, la mise en place progressive d'un programme de santé unifié. Toutefois, à l'époque le gouvernement français avait encore établi une démarcation religieuse de telle manière à ce que la zone sud soit pour les luthériens, et la zone nord pour les réformés. Ainsi, à cette époque, les grandes réunions luthériennes se sont toujours déroulées dans le Sud. En 1974. cette démarcation a été abolie par les églises réformées et luthériennes. S'en suit en 1979. la grande réunion luthérienne, qui s'est tenue à Betioky Atsimo, et qui a initié la création officielle de la SALFA comme département national de la santé de l'église luthérienne malgache, et le déplacement de son siège à Antananarivo. C'est à partir de cet instant que le système médical des missionnaires d'antan s'est transformé progressivement en Sampan'Asa Loterana momba ny FAhasalamana, une entité 100% malagasy. utilisant et valorisant les ressources humaines locales.